هناك اتفاقيات ثنائية، ومذكرات تفاهم  للتعاون العلمي، والثقافي مع عدد من الجامعات والمؤسسات العلمية العالمية، والإسلامية مثل :

  • جامعة الملك فيصل بأنجمينا ( تشاد ).
  • الاتحاد العالمي للمدارس العربية والإسلامية.
  • الجامعة الإسلامية العالمية بماليزيا.
  • جامعة آل البيت بالأردن.
  • الجامعة الإسلامية بالنيجر.
  • جامعة أمبالى بيوغندا.
  • جامعة جنوب إفريقيا
  • كلية الشريعة بسراييفو.
  • كلية الكانمى بنجيريا.
  • كلية التربية الجامعية ( زنجبار )، وهى تنتسب علمياً إلى الجامعة ، وتمنح خريجيها درجة البكلاريوس.
  • كلية ثيكا للشريعة، والعلوم الإسلامية، في كينيا، وهى تنتسب علمياً إلى الجامعة ، وتمنح خريجيها درجة البكلاريوس.
  • جامعة الحكمة - نيجيريا.
  • كلية كساؤني – ممبسا -كينيا.
  • كلية القران الكريم والعلوم الاسلامية-غانا.
  • جامعة شرق إفريقيا - بوصاصو - الصومال.
  • جامعة Prince - تايلاند.
  • الجامعة الإسلامية العالمية - إسلام أباد - باكستان.
  • جامعة بنادر - الصومال.
  • جامعة أديس أبابا - أثيوبيا.
  • الجامعة الإسلامية البورندية ( كوميبو ) - بورندى.
  • الهيئة العالمية لتحفيظ القرآن برابطة العالم الإسلامي.
  • مشروع عيون الحياة الخيرى.
  • منظمة رعاية الطلاب الوافدين.
  • الندوة العالمية للشباب الإسلامى .
  • مكتب التعاون للدعـــوة والإرشاد ( ساحل العاج ).
  • الشيخ على كترجوغلي ( رجل أعمال تركي ) لبناء المسجد العثماني.
  • شركة عبدالله هاشم عروة ( المملكة العربية السعودية ) - منح دراسية.
  • ولاية كاتسينا ( نيجيريا ) - منح دراسية.
  • جامعة برعو ( الصومال ).
  • اتحاد الدعاة المسلمين ( سيراليون ) - منح دراسية.
  • جامعة الشافعية الإسلامية بجاكارتا - إندونيسيا.
  • الكلية العربية الإصلاحية في سيرلانكا.
  • جامعة خانان الصينية لعلوم الطب التقليدي البديلة.
  • مذكرة تفاهم بين حكومة السودان، وحكومة إندونسيا حول التعاون في مجال التعليم، والشؤون الدينية.
  • إتفاق تفاهم بين معهد اللغة العربية جامعة إفريقيا العالمية، وشعبة اللغة العربية بجامعة أديس أبابا.
  • مذكرة تفاهم بين جامعة إفريقيا العالمية وجامعة زنجبار.
  • اتفاقية تعاون بين جامعة إفريقيا العالمية، وجامعة  علاء الدين الإسلامية الحكومية –مكاسر إندونيسيا.
  • اتفاقية تعاون بين جامعة إفريقيا العالمية، والجامعة الإسلامية إندونيسيا.
  • اتفاقية تعاون بين جامعة إفريقيا العالمية، وجامعة والي سونجو الإسلامية إندونيسيا.
  • مذكرة تفاهم بين جامعة إفريقيا العالمية، والاتحاد الإسلامي البورندي.
  • مذكرة تعاون علمي بين جامعة إفريقيا العالمية، وجامعة جزر القمر.
  • مذكرة تعاون بين جامعة إفريقيا العالمية، وجامعة شنقيط العصرية.
  • اتفاقية تعاون بين جامعة إفريقيا العالمية، وجمعية إقراء للعلاقات الانسانية –جدة.
  • اتفاقية تعاون بين جامعة إفريقيا العالمية، ومنظمة الدعوة الإسلامية وجمعية إقرأ للعلاقات الانسانية.
  • مقترح اتفاقية بين جامعة إفريقيا العالمية، والمركز الثقافي الندوة العالمية للشباب الإسلامي.
  • مذكرة تفاهم بين جامعة إفريقيا العالمية، وجامعة سوراكرتا المحمدية – إندونيسيا.
  • مذكرة تفاهم لانشاء كلية التمريض بين جامعة إفريقيا العالمية، والشيخ عبد الرحمن بن عبد الله.
  • مذكرة تفاهم بين جامعة إفريقيا العالمية، ومعهد حزب الله، ومدارس الفتح – إندونيسيا
  • مذكرة تفاهم بين جامعة إفريقيا العالمية، وجامعة ولاية كيبي –نيجيريا.
  • مذكرة تفاهم بين جامعة إفريقيا العالمية، وجامعة نايف العربية للعلوم الامنية.
  • مذكرة تفاهم بين جامعة إفريقيا العالمية ومركز الملك فيصل للبحوث والدراسات الإسلامية.
  • مذكرة تفاهم بين جامعة إفريقيا العالمية، وهيئة الإغاثة العالمية المملكة العربية السعودية.
  • طلب تعاون بين جامعة إفريقيا العالمية، وجمعية تطوير الثقافة والتعليم للاقليات – قانسو.
  • اتفاقية تعاون مشترك بين جامعة إفريقيا العالمية، ومعهد اللغات العالمية للمسلمين بنيغشيا.
  • مذكرة تعاون بين جامعة إفريقيا العالمية، وجامعة أدرار- الجزائر.
  • مذكرة تعاون بين جامعة إفريقيا العالمية، وكلية دار العلوم الإسلامية – ماليزيا.
  • طلب تآخي وتعاون من معهد الخوارزمي – السعودية مع جامعة إفريقيا العالمية.
  • مقترح اتفاقية تعاون بين جامعة إفريقيا العالمية، وجامعة اسيوط، وجامعة الزانترناشونال.
  • مذكرة تفاهم بين جامعة إفريقيا العالمية في السودان، وجامعة نانشانق بالصين.
  • اتفاقية تعاون بين جامعة افريقيا العالمية، في السودان، ومعهد السلام للتدريب-ملاوي.
  • اتفاقية تعاون بين جامعة افريقيا العالمية، وجمعية تشينغهاي للقوميات- شينيغ-الصين في مجال التبادل الطلابي لدراسة اللغة العربية، والدراسات العليا.
  • اتفاقية تعاون بين جامعة افريقيا العالمية، كلية العلوم الإسلامية والتطبيقية (تعز-اليمن).
  • مذكرة تعاون بين جامعة إفريقيا العالمية، جامعة سبها – الجماهيرية العظمى.
  • اتفاقية تعاون بين جامعة إفريقيا العالمية، وجامعة بانقي-أفريقا الوسطى.
  • مذكرة تفاهم بين مركز البحوث والدراسات الإفريقية، بجامعة إفريقيا العالمية، ومدير عام مركز البحوث  الدراسات الإفريقية.
  • مذكرة تفاهم بين جامعة إفريقيا العالمية، ومؤسسة الإيمان (جوهانسبيرج – جنوب إفريقيا).
  • مذكرة تعاون بين جامعة إفريقيا العالمية، وعبد الرحمن بن عبدالله آل الشيخ.
  • مذكرة  تفاهم بين جامعة إفريقيا العالمية، والكلية الأولية أديس أبابا.
  • توأمة بين جامعة إفريقيا العالمية، و المعهد العالي لإعداد وتأهيل المعلمين – هرجيسا-الصومال.
  • توأمة بين جامعة إفريقيا العالمية، وجامعة بايرو.
  • مذكرة تفاهم بين جامعة إفريقيا العالمية، وجامعة بريتوريا – القاهرة.
  • مذكرة  تفاهم بين جامعة إفريقيا العالمية، معهد الدراسات اللغوية – جامعة أديس أبابا.
  • مذكرة تعاون بين مركز الدراسات والأبحاث في جيبوتي وبين مركز البحوث والدراسات الإفريقية في السودان.
  • مذكرة تعاون بين جامعة إفريقيا العالمية، جامعة أنجمينا – تشاد.
  • مذكرة  تفاهم بين جامعة إفريقيا العالمية، والمعهد اللاتيني الأمريكي للدراسات الإسلامية بالبرازيل.
  • مذكرة تعاون بين جامعة إفريقيا العالمية، والمعهد الإسلامي بداكار.
  • مذكرة  تفاهم بين جامعة إفريقيا العالمية، والمؤسسة الإسلامية للثقافة والتنمية – سريلانكا.
  • مذكرة  تفاهم بين جامعة إفريقيا العالمية، وجامعة كسلا.
  • مذكرة  تفاهم بين جامعة إفريقيا العالمية، وكلية رأف الجامعية – كينيا.
  • برتوكول تعاون بين جامعة إفريقيا العالمية، والتجمع الثقافي الإسلامي بموريتانيا.
  • مذكرة تعاون وشراكة بين جامعة إفريقيا العالمية، والهيئة الإسلامية العالمية للتعليم.
  • مذكرة  تفاهم بين جامعة إفريقيا العالمية، وجامعة بنادر بالصومال.
  • مذكرة  تعاون بين جامعة إفريقيا العالمية، وجامعة الجزيرة بالسودان.
  • مذكرة  تعاون بين جامعة إفريقيا العالمية، وكلية سلطان للعلوم التربوية المتخصصة بالهند.
  • مذكرة  تعاون بين جامعة إفريقيا العالمية، و مؤسسة التعليم السويسرية.
  • مذكرة تعاون بين جامعة إفريقيا العالمية،  وادارة التربية و التعليم بننغيشيا –الصين.
  • مذكرة تعاون  بين جامعة إفريقيا العالمية، ومعهد العرفان الإسلامي بكينيا. 
  • مذكرة تعاون  بين جامعة إفريقيا العالمية، والهيئة الإسلامية العالمية – مكتب النيجر.
  • مذكرة تعاون بين جامعة إفريقيا العالمية،  مجمع الرحمة التنموي – جمهورية جيبوتي.
  • مذكرة تعاون جامعة الجنرال  لانسانا كونتي بسونفيا كوناكري – غينيا.
  • مذكرة تعاون معهد الدراسات الإسلامية – لينشيا قانسو -  الصين.
  • مذكرة تعاون بين جامعة إفريقيا العالمية،Istanbul Medeniyet University.
  • مذكرة تفاهم  بين جامعة إفريقيا العالمية وجامعة دار السلام كنتور / اندونيسيا.
  • مذكرة تفاهم  بين جامعة إفريقيا العالمية وجامعة بخارست – رومانيا.
  • مذكرة تفاهم  بين جامعة إفريقيا العالمية وجامعة ادم بركة – تشاد.
  • مذكرة تفاهم  بين جامعة إفريقيا العالمية وجامعة الإمام الشافعي – الصومال.
  • مذكرة تفاهم  بين جامعة إفريقيا العالمية وزارة التربية والتعليم  بولاية بونت لاند –الصومال.
  • مذكرةتفاهم  بين جامعة إفريقيا العالمية ومجلس السلاطين الصوماليين – الصومال.
  • مذكرةتفاهم  بين جامعة إفريقيا العالمية وجامعة عبد الله بن ياسين – موريتانيا.
  • مذكرةتفاهم  بين جامعة إفريقيا العالمية ومعهد النهضة للغة العربية – بوصاصو – الصومال.
  • مذكرةتفاهم  بين جامعة إفريقيا العالمية والجامعة الاسلامية يوغندا.
  • مذكرة تفاهم  بين جامعة إفريقيا العالمية وجامعة عبد الرحمن الصميت – زنجبار.